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上一期内容介绍了如何构建质粒，然而成功构建质粒只是踏出了基因表达调控的第一步，要成功调控基因表达，还需要将质粒高效的递送到细胞内。本期小编将向大家介绍如何将质粒转染进宿主细胞。广义上讲，转染是利用病毒感染以外的方式人工将核酸（DNA或RNA）导入细胞的过程。经过转染后，导入的核酸游离在细胞核中，可转录表达而不进行复制，也有极小部分会整合到受体细胞的基因组中，随宿主基因组一同复制。作为最常见的转染载体，质粒DNA含有重组基因和调控元件，可以转染到细胞中，用于基因表达调控，研究基因的功能、基因产物的突变分析和生化表征以及基因表达对细胞健康和生命周期的影响。对哺乳动物细胞转染来说，除了合适的载体，转染方法和转染试剂对转染的成功率也起到决定性作用。

胰腺导管腺癌（PDAC）是最致命的恶性肿瘤之一，大多数患者在被诊断出时病情已至晚期，化疗是晚期PDAC的主要治疗策略。白蛋白结合型紫杉醇联合吉西他滨方案（AG方案）是胰腺癌的主要化疗方案，而原发性耐药极大影响了AG方案的效果。经典的PI3K/Akt通路是多种肿瘤相关信号通路中的核心通路，异常激活可大大促进PDAC的化疗耐药性，使用靶向该通路的抑制剂组合是提高患者化疗敏感性的潜在策略。然而，众多化疗联合PI3K/Akt通路抑制剂治疗策略所显示出的治疗有效性和安全性仍然十分有限，探索安全可靠的PI3K/Akt通路抑制剂对于提高PDAC化疗敏感性非常重要

2024年9月，中山大学王菲、暨南大学肖佳、安徽医科大学王华团队合作在《Cell Metabolism》（IF=27.7）上发表了题为“Myeloid beta-arrestin 2 depletion attenuates metabolic dysfunction-associated steatohepatitis via the metabolic reprogramming of macrophages（髓系β-arrestin 2缺失通过巨噬细胞的代谢重编程减轻代谢功能障碍相关的脂肪性肝炎）”的研究论文。研究中使用了汉恒生物提供的AAV8-TBG-miR30-shArrb2来敲低肝细胞中的Arrb2，研究其是否可以防止饮食诱导的代谢功能障碍相关性脂肪性肝炎（MASH）。

肝纤维化和肝硬化是全球重大健康问题，目前依旧无法治愈，即使是肝移植也存在较大的风险和局限性，因此迫切需要开发新的治疗策略。近年来，巨噬细胞疗法和CAR-T细胞疗法逐渐崭露头角，前者可归巢至肝脏，调节肝脏免疫微环境并缓解肝纤维化、促进肝再生、改善肝功能；后者可识别并清除表达衰老标志物尿激酶纤溶酶原激活受体（uPAR）的肝星状细胞（HSC）（当发生慢性肝损伤时，HSC会被激活并转变为肌成纤维细胞，同时分泌大量细胞外基质（ECM）促进肝纤维化），进而减轻模型小鼠的肝纤维化。为了进一步开发特异性、疗效更高的细胞疗法，本研究结合两种方法的优势，用特异性CAR对巨噬细胞进行改造，评估其在肝纤维化模型中的有效性和安全性，旨在为肝纤维化的治疗开辟新途径。

上一期干货为大家介绍了外周神经特异性基因调控策略，本期将继续带大家了解骨骼组织特异性基因调控策略，主要从骨骼组织特性及组成、骨骼嗜性AAV血清型、骨骼特异性启动子和病毒递送到骨骼的方法等方面展开分享。

上期干货我们介绍了腺相关病毒在皮肤中的特异性基因调控策略，本期我们将系统介绍腺相关病毒在外周神经研究中的特异性调控策略，主要从组织特性及组成、嗜性AAV血清型、特异性启动子和病毒递送到外周神经的方法等四个方面展开分享。

肺脏位于胸腔内，是人体重要的呼吸器官，在呼吸过程中除了吸入氧气以外，空气中的微生物、有害颗粒等也会随着呼吸进入肺部，这些有害物质可造成肺部损伤，引发各类呼吸系统疾病，其中肺纤维化是多种间质性肺疾病的终末期肺部表现之一，现有的药物无法有效逆转纤维化进程，而促进纤维化肺组织再生有望恢复受损的肺泡和血管结构，为包括肺纤维化在内的多种疾病提供新的治疗策略。

在上一期的AAV组织递送策略相关干货中，我们了解了泌尿系统的靶向方法，那么本期小恒将主要介绍AAV在人体最大的器官——皮肤组织中的靶向策略。

目前，全世界有三分之一的人口超重，十分之一的人被列为肥胖。肥胖引起的慢性炎症加剧了多种类型的组织器官恶化和干细胞功能障碍。过去，肥胖被认为是骨密度的保护因素，但流行病学研究数据表明，尽管骨密度达到标准，肥胖仍会增加骨折风险。然而，肥胖对骨骼组织的影响及其潜在机制尚不清楚。

急性缺血性中风是血液发生循环障碍的脑部疾病，是全球范围内导致残疾和死亡的主要原因之一，其特征表现为脑血流中断，引起线粒体代谢障碍。低密度脂蛋白受体相关蛋白（LRP1）作为一种多功能的跨膜受体，它在神经退行性病变等多种疾病中具有重要的生物学功能，这提示着LRP1参与了脑组织的功能调节。尽管LRP1与缺血性中风相关性的研究日益增多，但确切机制尚不明确。据报道星形胶质细胞可通过传递健康线粒体来保护受损神经元，那么LRP1是否也通过调控这一过程来保护缺血性中风的脑组织亟待验证，下面我们介绍一篇关于该机制的最新研究成果。

类鼻疽伯克霍尔德菌 类鼻疽的病原体为类鼻疽伯克霍尔德菌（Burkholderia pseudomallei），通常由身体损伤、食用或吸入气溶胶细菌引起，雨季发病率较高。目前全球类鼻疽诊断不足的主要原因是临床症状的非特异性和专业微生物实验室的匮乏，致使该病的死亡率高达40%。大量研究表明，包括病毒、细菌等在内的多种病原体及其成分可操纵宿主细胞的线粒体自噬，以提高其细胞内存活率或逃避宿主免疫。目前B. pseudomallei在细胞内的存活策略尚未完全被揭露，针对类鼻疽尚未开发出有效疫苗，因此针对其发病机制进行深入研究迫在眉睫。

肝细胞癌（HCC）是全球最常见的原发性肝癌类型，占所有肝癌病例的75%-85%，并且是导致癌症相关死亡的主要原因之一。尽管治疗手段不断进步，但受限于肿瘤转移和药物耐受性，HCC患者的五年生存率仍不理想。因此，迫切需要探索新的诊疗标志物并开发相应的治疗策略。本研究发现CircPIAS1在HCC组织和细胞中的表达上调，在体内外实验中，沉默CircPIAS1可抑制HCC细胞的增殖和迁移。机制上，CircPIAS1的高表达通过竞争性结合miR-455-3p抑制铁死亡，导致核蛋白1 (NUPR1)表达上调。此外，NUPR1促进FTH1转录，增强HCC细胞中的铁储存并赋予其铁死亡抗性。用NUPR1抑制剂ZZW-115治疗，逆转了CircPIAS1的促瘤作用，并使HCC细胞对lenvatinib（仑伐替尼，肝癌治疗药物）敏感。该研究强调了CircPIAS1通过调节铁死亡在HCC进展中的关键作用，靶向CircPIAS1/miR-455-3p/NUPR1/FTH1调节轴可能是治疗HCC的潜在策略。

在前面几期中，小恒为大家介绍了IP、CO-IP和CHIP的原理、实验方法和常见问题，本期我们为大家带来研究RNA与蛋白免疫共沉淀技术——RIP技术的基本概念和实验方法。 近十年来，mRNA的转录、加工、转运、修饰和调控的分子机制，以及非编码RNA与蛋白的互作机制，逐渐成为学术研究中必不可少的一环。无论小到几十bp的miRNA，还是大到几万bp的lncRNA，都会涉及到与蛋白的相互作用。RNA分子可以通过其二级或三级结构与蛋白质相互作用，形成核糖核蛋白复合物(RNPs)，进而发挥一些生物学功能，比如我们熟知的miRNA就是众多蛋白结合形成复合物后，才能发挥基因沉默的功能，而不是以单独的一个miRNA与靶RNA互作。因此，对于RNA结合蛋白（RNA- binding proteins，RBP）的研究也逐渐成为新的研究热点。RIP技术（RNA Binding Protein Immunoprecipitation，RNA结合蛋白免疫沉淀），是研究细胞内RNA与RBP结合情况的技术，是了解转录后调控网络动态过程的有力工具。利用RIP技术运用针对目标蛋白的抗体把相应的RNA-蛋白复合物沉淀下来，然后经过分离纯化就可以对复合物中的RNA进行分析。

2024年5月20日大连医科大学肿瘤干细胞研究院刘强和崔柏团队在国际知名期刊Cell Metabolism（ IF: 27.7）上发表了题为《Oncogenic fatty acid oxidation senses circadian disruption in sleep-deficiency-enhanced tumorigenesis》的重要研究成果。研究发现脂肪酸氧化（FAO，fatty acid oxidation）可作为昼夜节律“感应器”，感知节律紊乱并传递致癌代谢信号，提高睡眠不足（SD，sleep deficiency）人群的肺肿瘤发生率。

上一期我们介绍了免疫沉淀技术中用于研究蛋白质与蛋白质相互作用的免疫共沉淀技术（co-IP），然而可以与蛋白质相互作用的不只有蛋白质，还有DNA和RNA等。本期将重点介绍蛋白质与DNA相互作用的研究方法----染色质免疫共沉淀技术（Chromatin Immunopreci pitation，ChIP），ChIP技术是一种用于表观遗传学研究的技术，可以快速反映蛋白质-DNA相互作用。这一期我们主要从ChIP实验的原理、实验流程和注意事项几个方面来详细介绍和分析ChIP实验，供大家参考学习。

在上一个主题中，我们从原理、应用、实验流程及常见问题几个方面详细了解了染色质免疫共沉淀（chromatin immunoprecipitation，Ch-IP）技术，本期我们继续为大家带来分子互作免疫沉淀相关实验——免疫共沉淀（Co-Immunoprecipitation，Co-IP）的实验指南和常见问题解析。 众所周知，蛋白质控制着细胞中的所有生物系统，包括基因表达、细胞生长、增殖、营养吸收、形态、运动、细胞间通讯和细胞凋亡，虽然许多蛋白质独立执行其功能，但绝大多数蛋白质需要通过与其他蛋白质相互作用以获得相关的生物活性、或介导某些信号传导[1]。 Co-IP是一项广泛使用的蛋白质互作研究工具，其通过使用诱饵蛋白特异性抗体间接捕获与特定靶蛋白结合的蛋白质，来识别蛋白质-蛋白质相互作用。在捕获蛋白复合物后可通过对富集的蛋白质复合物进行分析，以确定潜在结合伴侣蛋白质的结合亲和力、结合动力学和功能。这项技术巧妙地利用了特异性抗体的特性，将目标锁定在目标蛋白质上，从而捕捉复杂的相互作用关系网络。

在蛋白质相关研究中，传统分离技术如：电泳、色谱和沉淀法等提供了蛋白质的初步分离手段，其中电泳主要根据蛋白质的大小进行分离，但难以区分分子量相近的蛋白质；亲和色谱则依赖特定配体，且需要特定条件。传统分离技术在分辨率和特异性上存在局限，这些技术限制推动了科学家寻找更精确的识别和分离方法，因此，免疫沉淀（Immunoprecipitation，IP）技术应运而生，并成为了现代生物医学研究中不可或缺的蛋白研究工具。

研究基因调控少不了动物实验的验证，腺病毒和腺相关病毒是动物实验常用的工具病毒， 但腺相关病毒由于载体容量小，且初始表达量较低，当遇到目的基因较大或造模周期较短的情况时，腺病毒就成了首选。提到这个，你是不是有疑问： 动物用的腺病毒和细胞用的腺病毒纯化程度是否不同呢？ 需要哪些特殊处理呢？ 本期小恒将从重组腺病毒发展历史的角度来解答这些疑问。

严重急性呼吸综合征冠状病毒2型（severe acute respiratory syndrome coronavirus 2，SARS-CoV-2）自 2020 年初爆发以来，在全球迅速传播，引发了大流行，导致大量感染和死亡。世界各地的科学家正在努力更好地了解 SARS-CoV-2 的传播机制、病理特征、诊断工具和治疗方法。一些有效的治疗和预防措施，包括抗病毒药物和血浆疗法，已经诞生。然而，仍然需要更多的研究来探索 SARS-CoV-2 的生物学特性以防治其危害。研究发现SARS-CoV-2 非结构蛋白 nsp12、nsp7和nsp8可形成多亚基复制/转录复合物。其中，nsp7 和 nsp8 协助增强nsp12的模板结合和 RNA 合成能力。nsp12又称 SARS-CoV-2 RdRp，是核心催化亚基，对病毒复制和传播至关重要。nsp12也是SARS-CoV-2 中最保守的蛋白质之一，且有研究表明nsp12可抑制宿主 I 型干扰素 (IFN-I) 反应，因此，nsp12 也是SARS-CoV-2的一个有希望的治疗靶点。

前几期特异性基因调控干货文章分别介绍了靶向内耳、肠道、胚胎与子宫以及肺脏等组织/器官的特异性基因调控策略，本期将继续带大家了解泌尿系统的特异性基因调控策略，主要从泌尿系统组织特性及组成、泌尿系统嗜性AAV血清型、泌尿系统特异性启动子和病毒递送到泌尿系统组织/器官的方法等四个方面展开分享。