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肺脏位于胸腔内，是人体重要的呼吸器官，在呼吸过程中除了吸入氧气以外，空气中的微生物、有害颗粒等也会随着呼吸进入肺部，这些有害物质可造成肺部损伤，引发各类呼吸系统疾病，其中肺纤维化是多种间质性肺疾病的终末期肺部表现之一，现有的药物无法有效逆转纤维化进程，而促进纤维化肺组织再生有望恢复受损的肺泡和血管结构，为包括肺纤维化在内的多种疾病提供新的治疗策略。

在上一期的AAV组织递送策略相关干货中，我们了解了泌尿系统的靶向方法，那么本期小恒将主要介绍AAV在人体最大的器官——皮肤组织中的靶向策略。

目前，全世界有三分之一的人口超重，十分之一的人被列为肥胖。肥胖引起的慢性炎症加剧了多种类型的组织器官恶化和干细胞功能障碍。过去，肥胖被认为是骨密度的保护因素，但流行病学研究数据表明，尽管骨密度达到标准，肥胖仍会增加骨折风险。然而，肥胖对骨骼组织的影响及其潜在机制尚不清楚。

急性缺血性中风是血液发生循环障碍的脑部疾病，是全球范围内导致残疾和死亡的主要原因之一，其特征表现为脑血流中断，引起线粒体代谢障碍。低密度脂蛋白受体相关蛋白（LRP1）作为一种多功能的跨膜受体，它在神经退行性病变等多种疾病中具有重要的生物学功能，这提示着LRP1参与了脑组织的功能调节。尽管LRP1与缺血性中风相关性的研究日益增多，但确切机制尚不明确。据报道星形胶质细胞可通过传递健康线粒体来保护受损神经元，那么LRP1是否也通过调控这一过程来保护缺血性中风的脑组织亟待验证，下面我们介绍一篇关于该机制的最新研究成果。

类鼻疽伯克霍尔德菌 类鼻疽的病原体为类鼻疽伯克霍尔德菌（Burkholderia pseudomallei），通常由身体损伤、食用或吸入气溶胶细菌引起，雨季发病率较高。目前全球类鼻疽诊断不足的主要原因是临床症状的非特异性和专业微生物实验室的匮乏，致使该病的死亡率高达40%。大量研究表明，包括病毒、细菌等在内的多种病原体及其成分可操纵宿主细胞的线粒体自噬，以提高其细胞内存活率或逃避宿主免疫。目前B. pseudomallei在细胞内的存活策略尚未完全被揭露，针对类鼻疽尚未开发出有效疫苗，因此针对其发病机制进行深入研究迫在眉睫。

肝细胞癌（HCC）是全球最常见的原发性肝癌类型，占所有肝癌病例的75%-85%，并且是导致癌症相关死亡的主要原因之一。尽管治疗手段不断进步，但受限于肿瘤转移和药物耐受性，HCC患者的五年生存率仍不理想。因此，迫切需要探索新的诊疗标志物并开发相应的治疗策略。本研究发现CircPIAS1在HCC组织和细胞中的表达上调，在体内外实验中，沉默CircPIAS1可抑制HCC细胞的增殖和迁移。机制上，CircPIAS1的高表达通过竞争性结合miR-455-3p抑制铁死亡，导致核蛋白1 (NUPR1)表达上调。此外，NUPR1促进FTH1转录，增强HCC细胞中的铁储存并赋予其铁死亡抗性。用NUPR1抑制剂ZZW-115治疗，逆转了CircPIAS1的促瘤作用，并使HCC细胞对lenvatinib（仑伐替尼，肝癌治疗药物）敏感。该研究强调了CircPIAS1通过调节铁死亡在HCC进展中的关键作用，靶向CircPIAS1/miR-455-3p/NUPR1/FTH1调节轴可能是治疗HCC的潜在策略。

在前面几期中，小恒为大家介绍了IP、CO-IP和CHIP的原理、实验方法和常见问题，本期我们为大家带来研究RNA与蛋白免疫共沉淀技术——RIP技术的基本概念和实验方法。 近十年来，mRNA的转录、加工、转运、修饰和调控的分子机制，以及非编码RNA与蛋白的互作机制，逐渐成为学术研究中必不可少的一环。无论小到几十bp的miRNA，还是大到几万bp的lncRNA，都会涉及到与蛋白的相互作用。RNA分子可以通过其二级或三级结构与蛋白质相互作用，形成核糖核蛋白复合物(RNPs)，进而发挥一些生物学功能，比如我们熟知的miRNA就是众多蛋白结合形成复合物后，才能发挥基因沉默的功能，而不是以单独的一个miRNA与靶RNA互作。因此，对于RNA结合蛋白（RNA- binding proteins，RBP）的研究也逐渐成为新的研究热点。RIP技术（RNA Binding Protein Immunoprecipitation，RNA结合蛋白免疫沉淀），是研究细胞内RNA与RBP结合情况的技术，是了解转录后调控网络动态过程的有力工具。利用RIP技术运用针对目标蛋白的抗体把相应的RNA-蛋白复合物沉淀下来，然后经过分离纯化就可以对复合物中的RNA进行分析。

2024年5月20日大连医科大学肿瘤干细胞研究院刘强和崔柏团队在国际知名期刊Cell Metabolism（ IF: 27.7）上发表了题为《Oncogenic fatty acid oxidation senses circadian disruption in sleep-deficiency-enhanced tumorigenesis》的重要研究成果。研究发现脂肪酸氧化（FAO，fatty acid oxidation）可作为昼夜节律“感应器”，感知节律紊乱并传递致癌代谢信号，提高睡眠不足（SD，sleep deficiency）人群的肺肿瘤发生率。

上一期我们介绍了免疫沉淀技术中用于研究蛋白质与蛋白质相互作用的免疫共沉淀技术（co-IP），然而可以与蛋白质相互作用的不只有蛋白质，还有DNA和RNA等。本期将重点介绍蛋白质与DNA相互作用的研究方法----染色质免疫共沉淀技术（Chromatin Immunopreci pitation，ChIP），ChIP技术是一种用于表观遗传学研究的技术，可以快速反映蛋白质-DNA相互作用。这一期我们主要从ChIP实验的原理、实验流程和注意事项几个方面来详细介绍和分析ChIP实验，供大家参考学习。

在上一个主题中，我们从原理、应用、实验流程及常见问题几个方面详细了解了染色质免疫共沉淀（chromatin immunoprecipitation，Ch-IP）技术，本期我们继续为大家带来分子互作免疫沉淀相关实验——免疫共沉淀（Co-Immunoprecipitation，Co-IP）的实验指南和常见问题解析。 众所周知，蛋白质控制着细胞中的所有生物系统，包括基因表达、细胞生长、增殖、营养吸收、形态、运动、细胞间通讯和细胞凋亡，虽然许多蛋白质独立执行其功能，但绝大多数蛋白质需要通过与其他蛋白质相互作用以获得相关的生物活性、或介导某些信号传导[1]。 Co-IP是一项广泛使用的蛋白质互作研究工具，其通过使用诱饵蛋白特异性抗体间接捕获与特定靶蛋白结合的蛋白质，来识别蛋白质-蛋白质相互作用。在捕获蛋白复合物后可通过对富集的蛋白质复合物进行分析，以确定潜在结合伴侣蛋白质的结合亲和力、结合动力学和功能。这项技术巧妙地利用了特异性抗体的特性，将目标锁定在目标蛋白质上，从而捕捉复杂的相互作用关系网络。

在蛋白质相关研究中，传统分离技术如：电泳、色谱和沉淀法等提供了蛋白质的初步分离手段，其中电泳主要根据蛋白质的大小进行分离，但难以区分分子量相近的蛋白质；亲和色谱则依赖特定配体，且需要特定条件。传统分离技术在分辨率和特异性上存在局限，这些技术限制推动了科学家寻找更精确的识别和分离方法，因此，免疫沉淀（Immunoprecipitation，IP）技术应运而生，并成为了现代生物医学研究中不可或缺的蛋白研究工具。

研究基因调控少不了动物实验的验证，腺病毒和腺相关病毒是动物实验常用的工具病毒， 但腺相关病毒由于载体容量小，且初始表达量较低，当遇到目的基因较大或造模周期较短的情况时，腺病毒就成了首选。提到这个，你是不是有疑问： 动物用的腺病毒和细胞用的腺病毒纯化程度是否不同呢？ 需要哪些特殊处理呢？ 本期小恒将从重组腺病毒发展历史的角度来解答这些疑问。

严重急性呼吸综合征冠状病毒2型（severe acute respiratory syndrome coronavirus 2，SARS-CoV-2）自 2020 年初爆发以来，在全球迅速传播，引发了大流行，导致大量感染和死亡。世界各地的科学家正在努力更好地了解 SARS-CoV-2 的传播机制、病理特征、诊断工具和治疗方法。一些有效的治疗和预防措施，包括抗病毒药物和血浆疗法，已经诞生。然而，仍然需要更多的研究来探索 SARS-CoV-2 的生物学特性以防治其危害。研究发现SARS-CoV-2 非结构蛋白 nsp12、nsp7和nsp8可形成多亚基复制/转录复合物。其中，nsp7 和 nsp8 协助增强nsp12的模板结合和 RNA 合成能力。nsp12又称 SARS-CoV-2 RdRp，是核心催化亚基，对病毒复制和传播至关重要。nsp12也是SARS-CoV-2 中最保守的蛋白质之一，且有研究表明nsp12可抑制宿主 I 型干扰素 (IFN-I) 反应，因此，nsp12 也是SARS-CoV-2的一个有希望的治疗靶点。

前几期特异性基因调控干货文章分别介绍了靶向内耳、肠道、胚胎与子宫以及肺脏等组织/器官的特异性基因调控策略，本期将继续带大家了解泌尿系统的特异性基因调控策略，主要从泌尿系统组织特性及组成、泌尿系统嗜性AAV血清型、泌尿系统特异性启动子和病毒递送到泌尿系统组织/器官的方法等四个方面展开分享。

胰腺癌中有80%以上的患者是胰导管癌(PDAC)，PDAC是一种高度侵袭性的消化系统肿瘤，起源于胰腺导管上皮及腺泡细胞，是人类最为致命的恶性肿瘤，被医学界称为“癌中之王”。即便近十几年来在癌症治疗上有了巨大的进步，PDAC的五年生存率依然很低。当前对PDAC的发病机制尚不明确。因此，对 PDAC的生长和转移机制研究、寻找潜在的治疗靶点和新的生物标志物是十分必要的。在以往的研究中发现，很多与代谢相关的基因和PDAC存在关联。其中，乳酸是糖酵解的最终产物，是肿瘤中常见的代谢产物，高水平的糖酵解代谢和乳酸积累也是肿瘤细胞的普遍特征之一。然而，代谢重编程（Metabolic reprogramming）如何影响表观遗传改变，特别是PDAC的组蛋白乳酸化，目前仍不清楚。

上一期干货为大家介绍了子宫及胚胎特异性基因调控策略，本期将继续带大家了解肺脏特异性基因调控策略，主要从肺组织特性及组成、肺部的常见疾病、肺嗜性AAV血清型、肺特异性启动子和病毒递送到肺部的方法等五个方面展开分享

骨骼作为人体主要的承重组织，持续承受机械力的作用，但当正常的机械负荷模式被破坏，例如长期卧床或太空飞行等，可能会导致骨骼重建失衡，从而引起骨质疏松等病症。最新研究表明，破骨细胞可以独立于骨细胞直接感知机械负荷并激活下游通路，进而影响破骨细胞的发生，但是破骨细胞生理机械传感器的特性以及控制破骨细胞生成的细胞机制尚不清楚。接下来，我们要介绍的这篇文献针对性研究了PC1（Polycystin-1，由Pkd1基因编码，骨形成中的关键蛋白）在破骨细胞发生和骨吸收中的调节机制，为骨质疏松药物新靶点的开发提供了重要支撑。

子宫是包括人类在内的大多数雌性哺乳动物生殖系统中的一个重用器官，是胚胎和胎儿发育的场所，不同动物的子宫形态有所差异。

在我们前几期的干货中，为大家介绍了胰腺、内耳等组织的靶向调控策略，本期将为大家带来AAV在肠道研究中的靶向策略。

肝细胞癌（hepatocellular carcinoma，HCC），作为一种强侵袭性、高死亡率的原发性肝癌，是肝癌的主要组织学亚型，占原发性肝癌的90%，成为全世界癌症相关死亡率的第三大病因。免疫检查点抑制剂（ICIs）因其丰富的淋巴细胞浸润能力而成为治疗HCC的一种极具前景的有效方法，ICIs的批准上市预计有望改变晚期HCC的管理，但有研究表明ICI治疗对患者的总存活率（OS）并未显示出统计学上的显著改善。其中，HCC的ICI耐药性是由多方面共同作用的结果，其关键因素是肿瘤微环境（TME）内部复杂的细胞相互作用。因此，HCC免疫治疗抵抗的分子机制亟待解析，用以开发有效改善OS的治疗新策略。