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2026年1月，华中科技大学薛宇教授和彭迪副教授作为共同通讯在Nature Biomedical Engineering期刊发表了题为“A deep learning and large language hybrid workflow for omics interpretation”的研究论文。本研究针对海量多组学数据难以进行机制性解析的挑战，开发了一种融合深度学习与大语言模型推理的混合工作流，命名为LyMOI。这个框架整合了基于图卷积网络的大规模知识图谱与GPT-3.5的生物学常识推理能力，能够从多组学数据中预测特定情境下的调控因子，并通过机器思维链对其在生物系统中的功能进行机制阐释。本文主要聚焦于自噬过程，LyMOI系统解读了1.3 TB的转录组、蛋白质组与磷酸化蛋白质组数据，显著扩展了自噬调控因子的知识体系。结果显示，两个人类癌蛋白CTSL和FAM98A在抗肿瘤药物双硫仑（DS  F）处理下可增强自噬；体外实验证实沉默这两个基因能抑制DSF介导的自噬并降低癌细胞增殖。值得注意的是，将DSF与CTSL特异性抑制剂Z-FY-CHO联用，在体内显著抑制了肿瘤生长。这些结果不仅揭示了自噬调控的新机制，也为肿瘤联合治疗提供了新的策略依据。

2025年12月16日，复旦大学附属中山医院邹云增、龚惠、高攀团队在《Signal Transduction and Targeted Therapy》（IF=52.7）上发表题为“Nucleosome assembly protein-like 1 degradation-dependent novel cardioprotection mechanism of Wnt2 against ischemia-reperfusion injury”的研究论文。本研究发现，在AMI患者再灌注治疗后，血清及心脏组织中Wnt2水平下降且与心肌损伤呈负相关。在I/R损伤小鼠模型中，外源性给予重组Wnt2（rbWnt2）蛋白可通过抑制ROS水平和心肌细胞死亡，显著减轻心脏I/R损伤并改善心功能。机制上，rbWnt2通过下调核蛋白Nap1L1，重新激活抗氧化基因的转录和表达，从而增强ROS的清除能力，并抑制细胞凋亡和铁死亡。随后实验证实，在小鼠原代心肌细胞（AMCMs）和体内心肌组织中特异性敲低Nap1L1可模拟rbWnt2的保护作用，而过表达Nap1L1则阻断其疗效。进一步研究发现，Wnt2通过结合Lrp6受体，招募E3泛素连接酶Trim11，促进Nap1L1的泛素化降解，进而恢复心肌抗氧化功能，起到心脏保护作用。至此，本研究确定了Wnt2-Lrp6/Trim11/Nap1L1轴作为减轻I/R损伤的关键通路，为靶向局部氧化损伤的治疗提供了新策略。

2025年12月11日，中山大学附属第六医院陈实教授团队在Molecular Cancer（IF=33.9）杂志上发表了题为“CircZFAND6 suppresses gastric cancer metastasis and reduces resistance to TKI therapy”的研究论文。该研究首次揭示circZFAND6在GCPD中表达显著下调。机制上，circZFAND6一方面通过竞争性结合miR-6815-3p上调APC表达，进而抑制Wnt/β-catenin信号通路；另一方面circZFAND6通过滚动翻译产生circZFAND6-aa肽段，竞争结合ERBB3以阻断PI3K/AKT通路，进而逆转TKI（酪氨酸激酶抑制剂，靶向药）耐药。该研究明确了circZFAND6在GCPD中的双重调控机制，提示其可作为胃癌预后标志物与潜在治疗靶点。汉恒生物有幸为本研究提供circZFAND6野生型和突变型报告质粒，用于验证其与miR-6815-3p的靶向结合关系。

自噬是细胞或者有机体在营养缺乏等环境应激条件下，通过在细胞里产生双层膜自噬体，包裹细胞质或受损伤的细胞器等，将它们运送到溶酶体或液泡中进行降解，维持细胞稳态平衡的重要生物学过程。自噬体的形成需要约20个基因（或基因家族），这些基因被称为核心自噬相关（ATG）基因。这些基因产物可分为六个功能组：（1）ATG1（哺乳动物中为ULK）激酶复合体，（2）ATG9囊泡，（3）含ATG14的PtdIns 3-激酶复合体，（4）ATG2-ATG18复合体，（5）ATG12偶联系统，以及（6）ATG8偶联系统。Atg8偶联系统由四种Atg蛋白组成，Atg3、Atg4、Atg7和Atg8，新生的Atg8被半胱氨酸蛋白酶Atg4加工以暴露出其C末端甘氨酸（Gly），加工后的Atg8被E1样酶Atg7（与Atg12共用同一个E1酶）激活，然后被转移到E2样酶Atg3，最后，Atg8的C末端甘氨酸与磷脂酰乙醇胺（PE）的氨基形成酰胺键以结合，Atg8-PE结合物会再一次被Atg4处理以解离。本期我们一起来了解下参与ATG8偶联系统的基因：ATG8、ATG4、ATG7和ATG3。

2025年12月3日，陆军军医大学吴玉章院士团队在Signal Transduction and Targeted Therapy（IF=52.7）发表题为“Adipocytes orchestrate obesity-related chronic inflammation through β2-microglobulin”的研究论文，该研究通过构建高脂饮食诱导的肥胖小鼠模型和脂肪特异性B2M敲除小鼠，结合转录组测序发现肥胖小鼠脂肪细胞中B2M显著上调，利用流式细胞术分析免疫细胞浸润，发现B2M缺失可减少CD8+T细胞活化和巨噬细胞M1极化。随后，通过免疫共沉淀和铁代谢检测等实验，揭示B2M通过HFE/TFR2复合物上调铁调素、抑制铁转运蛋白，导致脂肪细胞铁过载并最终诱发铁死亡。此外，通过原代脂肪细胞与CD8+T细胞的共培养实验，验证了B2M在细胞接触依赖下激活免疫反应的作用。最终得出结论：肥大脂肪细胞通过B2M依赖的双重通路：MHC I类抗原呈递激活CD8+T细胞，以及铁代谢紊乱诱导自身铁死亡并促进巨噬细胞M1极化，共同驱动肥胖相关的慢性炎症和代谢紊乱，而靶向敲低B2M可缓解这些表型，提示其具有潜在的治疗价值。 在此研究中，作者使用的脂肪特异性敲低B2M的腺相关病毒（AAV9-Fabp4-ZsGreen-miR30-shB2m）来自汉恒生物。

2025年10月30日，北京大学药学院曾克武与屠鹏飞团队在《iMeta》期刊上发表题为“Homoharringtonine suppresses acute myeloid leukemia progression by orchestrating EWSR1 phase separation in an m6A-YTHDF2-dependent mechanism”的研究论文。该研究阐述了传统用于治疗慢性髓系白血病（CML）的药物高三尖杉酯碱（HHT）的全新作用机制：它通过驱动EWSR1蛋白发生液-液相分离，进而以m6A-YTHDF2依赖性方式抑制急性髓系白血病（AML）的进展。值得注意的是，在本研究中，作者使用了汉恒生物提供的lenti-shEWSR1敲低慢病毒及其对照慢病毒，成功构建了NB4细胞稳转株，为后续机制研究奠定了可靠基础。

自噬是真核细胞中高度保守的稳态调控机制，通过降解胞内受损组分（如细胞器、错误折叠蛋白及代谢废物等），实现营养物质的循环利用与细胞存活调控。在上一期内容中，我们从自噬的起源、分类、相关基因、诱导方式及检测手段等方面，系统介绍了自噬的核心概念与研究方法。在自噬过程中，吞噬泡的形成、延伸、成熟及其与溶酶体的融合，需要一系列自噬相关蛋白（ATG）的协同作用。其中，WD重复域磷脂相互作用蛋白（WD-repeat protein Interacting with PhosphoInositides,WIPI）家族作为关键效应分子，凭借其磷脂结合能力介导蛋白复合物的组装与膜转运，成为连接自噬信号通路与膜动力学的重要枢纽。本期将重点介绍WIPI家族基因的功能与调控机制。

2025年12月，徐州医科大学吕凌团队联合南京医科大学第一附属医院古鉴团队在《Cell》期刊上发表了题为“Tumor-produced ammonia is metabolized by regulatory T cells to further impede anti-tumor immunity”的研究论文。该研究深入揭示了肿瘤微环境中调节性T细胞（Treg）通过代谢氨增强其免疫抑制功能的分子机制，为理解肿瘤免疫逃逸及免疫治疗耐药提供了新视角。值得注意的是，文章中使用了汉恒生物提供的pGL3-SMS-promoter和pcDNA3.1-FOXP3质粒来研究FOXP3和SMS基因之间的调控关系，为结论提供了关键实验支持。

肝纤维化是导致肝脏疾病死亡的重要病理过程，包括代谢功能障碍相关脂肪性肝炎（metabolic dysfunction-associated steatohepatitis，MASH），而目前针对肝纤维化的治疗手段却非常有限。研究发现，肝内皮细胞（endothelial cells，ECs）和血管周围肝星状细胞（hepatic stellate cells，HSCs）中Rho关联的含卷曲螺旋蛋白激酶2（ROCK2）的上调会导致血管微环境功能障碍，并触发促纤维化血管旁分泌信号，预示着ROCK2可能是成药靶点。

2025年10月30日，广州医科大学第一附属医院曾国华教授团队等在《Molecular Cancer》（IF=33.9）发表了题为“Targeting CXCR2 in prostate cancer cells can block CD47-SIRPα interaction and reverse M2 macrophage polarization in the TME”的研究论文。该研究首次揭示IL-8/CXCR2通路可通过代谢重编程提升乙酰辅酶A（AC-CoA）水平，进而促进CD47乙酰化并上调其表达；同时诱导肿瘤细胞分泌棕榈酸，通过棕榈酰化修饰增强CD47膜定位，最终强化对巨噬细胞吞噬作用的抵抗。值得注意的是，在本研究中，作者使用了汉恒生物提供的过表达和敲低细胞系： C4-2B/CXCR2 过表达、LNCaP/CXCR2过表达、C4-2B/IL-8过表达、PC3/CXCR2 敲低和PC3/CD47敲低，系统验证了上述机制。

荧光素酶作为一种理想的报告基因，被广泛应用于转录因子结合位点与启动子活性分析、信号转导、药物筛选、动物活体成像等领域。本期小编为大家介绍双荧光素酶报告系统在基因转录调控验证方面的应用，主要从以下五个方面展开介绍：基因转录调控机制、调控元件的生物信息学分析、双荧光素酶验证系统相应质粒体系及反应原理、双荧光素酶系统的应用、双荧光素酶系统应用的案例分享。

骨肉瘤是一种高发于20岁以下青少年儿童的原发性恶性骨肿瘤。由于微转移灶的存在，仅采用根治性手术治疗的效果往往有限。自20世纪70年代以来，以MAP方案为代表的联合化疗的广泛应用，患者总体生存率已从约20%提高至约70%。尽管如此，该肿瘤仍普遍表现出化疗耐药性，约30-40%的患者化疗效果不佳或复发，成为当前临床治疗的主要挑战。近年来，随着对骨肉瘤分子特征认识的不断深入，其诊疗理念正逐步由传统模式向个体化治疗转变。因此，系统揭示骨肉瘤化疗耐药的分子机制，并鉴定其关键调控因子，对于优化治疗策略具有重要科学意义。

往期类器官系列干货中，我们介绍了消化道中肠道类器官的结构、功能及应用。而食管作为连接上消化道的关键肌性管道器官，其类器官模型的建立与应用同样展现出巨大的潜力和独特的研究价值。本期小恒将为大家介绍食管类器官的结构和功能、建立基础、建立方法、鉴定及应用。

人类中枢神经系统（Central nervous system, CNS）是一个高度动态且极其复杂的器官，由约上千亿个神经元和上万亿个支持性神经胶质细胞以高度有序的方式排列组成。由于伦理限制和样本获取难度，直接利用人脑组织进行研究面临很大挑战。此外，人脑结构高度复杂，长期以来缺乏能够全面模拟其结构与功能的理想模型。 随着干细胞研究的进展，科学家们成功开发出一种三维（Three-dimensional, 3D）培养体系——脑类器官。它来源于人胚胎干细胞（Human embryonic stem cells, hESCs）或人诱导多能干细胞（Human induced pluripotent stem cells, hiPSCs），在结构和功能上与人脑高度相似。因此，脑类器官已成为研究大脑发育、生理功能及相关疾病机制的重要替代模型，为该领域带来了全新的研究手段。

2025年10月，上海交通大学医学院附属第六人民医院范存义、周超、徐佳作为共同通讯作者在《ACS Nano》期刊发表了题为“An Autophagy-Sensitive Nanoplatform via Chirality-Selective Modulation for Functional Peripheral Nerve Repair and Target Organ Homeostasis”的研究论文。研究成功合成了Fe3O4纳米粒子对映体，其中D-Fe3O4被雪旺细胞（SCs）内吞后通过自噬驱动的p-JNK/EPHA5通路促进其增殖、迁移及再髓鞘化分化。在PNI和DPN动物模型中，负载D-Fe3O4的植入物显著加速神经结构与感觉—运动功能恢复，并维持靶器官形态与肢体稳态。本研究不仅深化了对手性材料在神经修复中作用机制的理解，也为功能性神经组织修复及靶器官稳态维持提供了一条具有重要转化潜力的新途径。

2025年9月30日，浙江大学医学院附属邵逸夫医院沈舒滢、赵兴与东南大学附属中大医院季明亮在《Nature Aging》（IF=19.5）上联合发表题为“ZDHHC11-mediated palmitoylation alleviates chondrocyte senescence and serves as a therapeutic target for osteoarthritis”的研究论文。本研究揭示了棕榈酰转移酶ZDHHC11作为OA治疗潜在新靶点的作用与机制。研究发现，ZDHHC11在衰老及OA软骨中表达下调，而在软骨细胞与小鼠模型（包括自然衰老及Zdhhc11条件性敲除小鼠）中过表达ZDHHC11均能有效抑制软骨细胞衰老、促进细胞外基质（ECM）合成并缓解OA病理表型。在机制上，阐明了ZDHHC11可催化载脂蛋白D（APOD）发生棕榈酰化修饰，这与E3泛素连接酶GNB2介导的APOD泛素化过程相竞争，从而稳定APOD蛋白水平。进一步研究发现，APOD通过抑制衰老相关信号GATA4-P65，减轻炎症与ECM分解代谢，最终延缓软骨衰退。基于此，作者创新性地开发了装载Zdhhc11 mRNA的软骨靶向脂质纳米颗粒递送系统（mRNA-LNP-CAP），该体系能在动物模型中实现特异性递送并显著改善OA进展。该研究不仅首次明确ZDHHC11通过介导棕榈酰化修饰调控软骨衰老和炎症进程，为理解OA发病机制提供新视角，同时也为开发针对OA的靶向核酸疗法奠定了重要理论基础。

近几十年来，类器官技术取得了重要进展。“类器官”是指由干细胞或祖细胞在体外培养形成的三维（3D）结构，具备自我组织能力，能够重现体内组织的结构及特定功能。类器官不仅具有原代组织的空间结构与微环境，还能保持稳定的遗传背景，展现出独特的应用优势。自2009年首个由肠道Lgr5+干细胞诱导产生的类器官成功构建以来[2]，该技术不断发展；至2013年，肝脏类器官也相继建立[3, 4]，并逐步应用于生物医学的多个研究领域。

2025年4月8日，安徽医科大学周洪团队在Cell Death & Differentiation（IF=13.7）上发表了题为“Sphingosine kinase 2 deficiency impairs VLDL secretion by inhibiting mTORC2 phosphorylation and activating chaperone-mediated autophagy”的研究论文。研究发现Sphk2-/-小鼠表现出肝细胞脂质积聚和极低密度脂蛋白（VLDL）分泌减少；机制研究表明，SphK2缺陷通过分子伴侣介导的自噬(CMA)，降解了参与囊泡运输的SNARE（可溶性N-乙基马来酰亚胺敏感因子附着蛋白受体）复合物组分，阻碍了VLDL转运至高尔基体；mTORC2磷酸化和外源性S1P补充能改善脂质积累和VLDL的分泌。

本文为大家介绍了肺类器官的分类与应用，以及优化的LV直接感染类器官的方法，希望能对您的研究有所帮助，下期我们将继续为您带来肝脏类器官的相关内容，欢迎继续关注。

2025年8月21日，武汉大学袁玉峰教授团队在Cancer Research（IF=16.6）发表题为“The Acetyltransferase ARD1 Induces Glutathione Synthesis to Facilitate Ferroptosis Evasion in Hepatocellular Carcinoma”的研究论文，在这项研究中，作者先通过全基因组CRISPR-Cas9技术筛选确定了乙酰转移酶-ARD1是肝癌中谷胱甘肽（Glutathione，GSH）合成的关键因子，并发现ARD1以GSH依赖的方式促进肝癌细胞增殖并抑制铁死亡，通过代谢组学和免疫沉淀串联质谱等方法，作者发现ARD1通过稳定γ-谷氨酰半胱氨酸合成酶（glutamate-cysteine ligase catalytic subunit，GCLC）的mRNA来促进GSH的合成。在机制上，ARD1对PABPC1（poly(A) binding protein cytoplasmic 1）的K167处进行乙酰化，阻止其进入细胞核，并与eIF4G（Eukaryotic Translation Initiation Factor 4 Gamma‌）互作稳定GCLC mRNA，阻止其降解，增加GSH合成，最终赋予肝癌细胞抵抗铁死亡的能力。此研究表明ARD1是肝细胞癌的一种潜在治疗靶点，并为肝细胞癌细胞中GSH代谢的重新编程以及铁死亡的调控网络提供了新的见解。在此研究中，作者使用了汉恒生物提供的AAV8-shARD1成功敲低了小鼠肝脏中的ARD1。